Arisla | La Ricerca

Progetto attivo: REDISALS

REDISALS.
Studio dell’editing dell’RNA nei motoneuroni in forme sporadiche di SLA attraverso sequenziamento massivo del trascrittoma

I meccanismi molecolari coinvolti nella morte dei motoneuroni nei pazienti affetti da SLA (Sclerosi Laterale amiotrofica) sporadica non sono stati ancora chiariti. Fino ad ora sono stati individuati molti geni coinvolti in una varietà di processi più o meno complessi. Recentemente, il fenomeno molecolare post-trascrizionale dell’RNA editing è stato studiato per dimostrare la degenerazione dei motoneuroni dovuta all’eccitotossicità mediata dai recettori del glutammato AMPA. In particolare, è stato riportato che il prodotto del gene GRIA2 gioca un ruolo fondamentale nell’influsso di calcio attraverso i recettori AMPA. Infatti, uno specifico “A-to-I” RNA editing dell’mRNA di GRIA2 è necessario per la normale funzionalità neuronale, mentre il prodotto dell’mRNA inedito aumenta l'afflusso di calcio attivando la morte neuronale. Questi risultati indicano che le modifica post-trascrizionale dell’RNA potrebbero essere rilevanti nella patogenesi della SLA. Per questo motivo, il progetto attuale si propone di indagare l’editing dell’RNA nei motoneuroni ricorrendo a nuove tecniche che permettono il massiccio sequenziamento dell’RNA (RNA-Seq). In questo modo, per ogni campione biologico saranno prodotte milioni di letture. Per ogni lettura sarà fatta una mappatura del genoma umano completo, al fine di individuare i potenziali siti di editing “A-to-I” corrispondenti alle variazioni “A-to-G” (l’inosina viene letta come guanosina dagli enzimi di sequenziamento). Si effettuerà un accurato sequenziamento della frazione poli-A dell’RNA estratto dai motoneuroni di tre pazienti con SLA sporadica utilizzando la tecnologia di sequenziamento Illumina/Solexa, eseguendo almeno tre corse complete per ogni campione biologico. Allo stesso tempo verrà sequenziato l’RNA totale di pazienti non-SLA utilizzati come controlli. Tutte le letture prodotte saranno analizzati utilizzando specifici strumenti di bioinformatica, che verranno sviluppato durante il progetto, che siano adatti a gestire enormi quantità di dati. I siti di “editing”, rilevati attraverso l'analisi comparativa con il genoma di riferimento umano saranno confermati sperimentalmente attraverso il sequenziamento diretto del DNA genomico estratto dai campioni stessi. L'obiettivo principale del progetto è quello di trovare gli eventi di “editing” potenzialmente coinvolti nella degenerazione dei motoneuroni fornendo anche una raccolta di potenziali biomarcatori.

Il Team di Ricerca:

Principal Investigator:

pesole

Graziano Pesole

CNR-IBBE Istituto di Biomembrane e Bioenergetica del Consiglio Nazionale delle Ricerche

E mail g.pesole@ibbe.cnr.it

Curriculum e Pubblicazioni

Collaboratori gruppo :

Dott.ssa Anna Maria D’Erchia, Ricercatore in Biologia Molecolare
Dott. Ernesto Picardi, Ricercatore in Biologia Molecolare
Dott.ssa Marina Mangiulli, Assegnista di Ricerca
Dott.ssa Caterina Manzari, Assegnista di Ricerca
Dott.ssa Monica Santamaria, Assegnista di Ricerca
Dott.ssa Marinella Marzano, Assegnista di Ricerca
Dott. Alessio Valletti, Dottorando
Dott. Bruno Fosso, Dottorando
Dott. Mattia D’Antonio, Dottorando

Partner 1:

gallo